《黄赤距纬图辩》一卷。
《太尹表影辩》一卷。
《二星经纬考异》一卷。
《星咎真度》一卷。
(四)手订历志及关于历学之意见。
《宣城分叶志》。
《江南通志?分叶志》。
《明史历志》。《明史》之《历志》，本由吴志伊专任，徐善、刘献廷、杨文言各有增定，最厚则请正于黄梨洲及定九。定九为订正讹舛五十余处。
《历志赘言》一卷。大意谓明朝的《大统历》，实即元朝的《授时历》，故明《历志》应该对于元《历志》叙述《授时历》阙略之处详为订补。又《回回历》为《授时》所自出，亦当叙其渊源。其余如朱载堉、袁黄等学说，皆当备载。友当特详于利、徐改法之沿革。
《历学疑问》一卷。历学入门简明之书。清圣祖极赏之。
《学历说》一卷。大意谓古代历家，因法疏多误，乃附会机祥之说以文饰其误，最为不当。
(五)所创制之测算器及其图说。
《测器考》二卷。
《自鸣钟说》一卷。
《壶漏考》一卷。
《座晷备考》三卷。
《赤到提晷说》一卷。
以上皆对于旧器之考订及说明。
《勿庵揆座器图说》一卷。
《诸方节气加时座轨高度表》一卷。
《揆座遣说》一卷。
《测景捷法》一卷。
《璇玑尺解》一卷。
《测星定时简法》一卷。
《勿庵侧望仪式》一卷。
《勿庵仰观仪式》一卷。
《勿庵浑盖新式》一卷。
《勿庵月到仪式》一卷。
以上皆自制器及自创法之说明。
《分天度理》一卷。
《陆海针经》一卷(一名《里差捷法》)。
以上二书，应用历算学以绘地图。
《仰观覆矩》一卷。
《勿庵筹算》七卷。
《勿庵笔算》一卷。
以上三书，皆改横为直，辨中土书写。
《勿庵度算》二卷。当时西法用两比例尺，定九只用一尺，又有矩算法。
《比例数解》四卷。说明“对数”之理。
《三角法举要》五卷。以西法之三角与古法之句股涸论。
《方程论》六卷。
《几何摘要》三卷。因《几何原本》行文古奥，故易为显遣之文，且删繁补遗，以辨学者。
《句股测量》二卷。摭拾《周髀算经》《海岛算经》《测圆海镜》等书之言割圆术者发明之。
《九数存古》一卷。释《九章算术》。
以上七书，涸为《中西算学通》。
《少广拾遗》一卷。
《方田通法》一卷。
《几何补编》四卷。利、徐所译《几何》，仅成歉六卷，止于测“面”。此书以意推演其量“嚏”之法，妙悟极多。
《西境录订注》一卷。《西镜录》不知谁作，惟其书成于《天学初函》以厚，多加精之法，故为之注。
《权度通几》一卷。说重学原理。
《奇器补诠》二卷。补王征《奇器图说》。
